El proyecto se centra en la creación de "Centros Rurales de Desarrollo Comunitario y Ciudadano" que se instalen en 18 escuelas cabeceras del medio rural, (escuela rural como agente integrador) a través de los cuales se coordinen una batería de programas y proyectos en base a tres componentes principales: promoción de la salud, promoción de la producción local y promoción de la integración social local. Colonia Integra mejorará la situación de las niñas y niños de las escuelas rurales y sus familias, así como personas, hombres y mujeres que se encuentran en el medio rural, particularmente en la zona de influencia de las 18 escuelas rurales seleccionadas.

El impacto del proyecto que forma parte del Programa Uruguay Integra podrá medirse en 1.800 alumnos/as de las 18 escuelas rurales y escuelas vecinas y sus 650 familias; unos 2.000 adolescentes y jóvenes de las zonas rurales; 2.700 mujeres de las zonas rurales que participan de actividades de sensibilización y formación; 500 pequeños productores; y 1.600 referentes locales, personas de las organizaciones de la sociedad civil, de empresas privadas y de organismos públicos brindadores de servicios básicos.